Bowser est de retour et, avec les enfants Bowser, il veut encore une fois gâcher la journée de Mario.

Cette fois, en plus de s’emparer de la princesse, l’équipe de Bowser a pris les baguettes magiques des rois de chaque pays et les a transformées en créatures.
Mario et Luigi doivent récupérer les baguettes magiques, vaincre Bowser et sauver la princesse avant la fin de la journée.

Les anciens et nouveaux bonus abondent dans chaque niveau pour les frères Mario, y compris le retour du Super Champignon et de la Fleur de Feu, ainsi que les nouveaux bonus tels que le costume de grenouille, la flûte de distorsion et le plus important de tous, la feuille, qui permet au joueur de voler et d’attaquer les ennemis avec sa queue.